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NGS引物

继qPCR技术成为分子诊断的主流技术平台后,第二代测序(NGS)技术的迅速发展给予了科学研究和医学诊断领域更高的技术平台及更广阔的发挥空间。作为NGS应用的重要原料组成,NGS引物和常规PCR引物相比,对于纯度、定量精确度、碱基序列准确性及交叉污染率提出了更高的要求。beat365正版唯一官网拥有二十多年引物合成经验,我们针对NGS应用优化产品性能和质量,并提供全面的质量检测。我们同样拥有先进的NGS技术平台,能对NGS引物的交叉污染率进行检测。

NGS实验流程包含样品制备(核酸抽提/核酸制备)、文库构建、上机测序和生物信息学分析几个步骤。NGS相关引物主要体现在文库构建的步骤中。其中,全基因组测序仅需要进行片段化和加接头的文库构建步骤,而全外显子组测序和目标区域捕获测序除了文库构建的步骤还需要目标区域捕获的步骤。

类型 名称 图示 一般长度 使用形式 修饰
通用建库 1.建库接头引物 15~80 mer 双链(或U形) 5’磷酸化
靶向捕获 2. 多重PCR引物 18~60 mer 单链多条预混
3. 杂交捕获探针 80~120 mer 单链多条预混 Biotin,5’居多
4. 封阻引物 -70 mer 单链 -

在线订购 在线引物设计

我们的优势

  1.  拥有十几年经验的专业NGS服务团队;
  2.   提供从建库接头到捕获的全套解决方案;
  3.  软硬件控制接头交叉污染率;
  4.  高性价比捕获探针定制方案。

订购信息

  文库构建

NGS接头引物

NGS Adaptor Primer

beat365正版唯一官网可完全根据客户提供的接头序列来进行定制化生产,磷酸化修饰的接头通过HPLC_CE的方式纯化,并且每条序列均单独进行质谱和定量检测。采用分批次至不同合成仪的方式最大程度避免交叉污染。可以提供独立单链、双链预混(不退火)两种不同的形式分装。

除了完全按序列定制外,您也可以选择beat365正版唯一官网NGS团队预设计并常备现货库存的成品接头产品线,点击这里查看产品列表

纯化方式 碱基范围 交付形态 包装形式 额外QC 合成周期
NGS 接头引物单链
HPLC 20~70 mer 干粉
液体
管装
96孔板
纯度(CE) 咨询
NGS 接头引物双链预混(不退火)
HPLC 20~70 mer 干粉
液体
管装
96孔板
纯度(CE) 咨询
NGS 接头引物双链预混(退火)
HPLC 20~70 mer 干粉
液体
管装
96孔板
纯度(CE) 咨询

  NGS接头性能展示

图 1:建库连接效率测试-扩增后的产物浓度

选择三个其他品牌成品接头,和SanNGS接头进行对比测试。投入 10 ng 接头连接产物,PCR循环数为8个,产物得量用Qubit检测结果如图。结果:beat365正版唯一官网成品接头连接产物浓度高于同类产品。

图 2:37°C 加速稳定性测试

37°C孵育16小时后进行琼脂糖凝胶检测结果。结果:在一定程度上可以证明接头产品在短时间高温条件下稳定。

图 3:批次间定量差异检测-各批次接头OD260观测值

选取8个不同批次的index用Nanodrop进行OD260检查,各批次之间OD260的观察值偏差较小,经计算CV=2.2%,远低于5%的行业标准。结果:浓度定量批间稳定性较好。

图 4:交叉污染率检测

每个季度随机抽取4个批次,计算交叉污染率。结果:最终检测的2021年Q1的平均交叉污染率是0.193‰,即交叉污染率≤5‰。

  目标区域捕获

靶向捕获探针

Hybrid Capture Probes

靶向捕获探针根据DNA碱基互补原理,设计与目标捕获区互补的DNA捕获探针(带biotin修饰)。在实验过程中,先将待捕获的基因组DNA构建标准NGS文库,进一步使用捕获探针与NGS文库杂交,然后使用链霉素磁珠富集杂交后的DNA文库,洗脱探针后进一步扩增纯化文库后即可上机测序。

beat365正版唯一官网可提供两种不同生产纯化工艺的靶向捕获探针定制,分别是 Pooling 前单条 HPLC 纯化的常规合成捕获探针和 Pooling 后 SmartPur 纯化的 SmartPur NGS 靶向捕获探针;和常规单条 HPLC 纯化的捕获探针相比,beat365正版唯一官网独创的 SmartPur 纯化方法,结合高达768通量的合成工艺,在保证较高的捕获效率的基础上,最大化降低了使用成本。

您可以配套使用我们专属开发的靶向捕获试剂来获得更好的捕获效果,点击这里查看产品列表

纯化方式 碱基范围 交付形态 包装形式 额外QC 合成周期
SmartPur 杂交捕获探针池(1,000 条起订),50 pmole/条
SmartPur 80~120 mer 液体 管装 NGS验证 咨询
杂交捕获探针单管合成*,100 pmole/条
HPLC
HPLC_CE
80~120 mer 干粉
液体
管装/板装 纯度(CE) 咨询

对于≥1000条靶向捕获探针的定制需求,您可以直接提供目标捕获区域的基因名或bed文件,我们的探针设计人员将完全免费帮您进行序列设计。

  定制流程

SmartPur NGS 捕获捕获探针定制流程图

  NGS捕获探针性能展示

模板来自人体细胞DNA构建的illumina文库,采用1270条探针的肿瘤Panel探针进行捕获,Panel Size 为 118601 bp,SG为采用SmartPur纯化工艺的beat365正版唯一官网定制捕获探针;对照组为某国外顶尖品牌(代号为A),所有1270条探针序列完全一致。-1、-2为来自一次杂交的两个样品。

图1:捕获表现

图2:覆盖区域>0.2X 平均覆盖深度

图3:覆盖均一性和一致性表现

图4:捕获区间均匀性分析

在四个方面的表现上,和国外顶尖品牌相比,beat365正版唯一官网定制捕获探针除捕获效率上略低外,各项指标均无明显差距

多重PCR引物

Multiplex PCR Primers

通过多重PCR的方法来进行目标区域捕获适合大规模的样本和少片段/位点的富集。和杂交探针捕获的方法比,常规情况下,多重PCR的费用也更加经济。

纯化方式 碱基范围 交付形态 包装形式 额外QC 合成周期
多重PCR引物单管合成
不限 18~60 mer 干粉
液体
管装
96孔板
384孔板
纯度(CE) 咨询
多重PCR引物常规合成引物池(条数≤10,000条)
不限 18~60 mer 干粉
液体
管装
96孔板
384孔板
- 咨询

封阻引物(Blocker)

Blocker Primers

NGS Blocker引物通常用于捕获建库过程中阻止文库接头的杂交,提高捕获测序的特异性。beat365正版唯一官网提供定制Blocker引物,并可出具包含纯度、分子量等信息的检测报告。

除了完全按序列定制外,您也可以选择beat365正版唯一官网NGS团队预设计并常备现货的成品封阻引物,点击这里查看产品列表

纯化方式 碱基范围 交付形态 包装形式 额外QC 合成周期
HPLC ~70 mer 干粉
液体
管装 纯度(CE) 咨询

订购方式

订购靶向捕获Panel,可在下方“资源>文档下载”区下载《靶向捕获Panel订购表》,发送邮件至 ngs@sangon.com,由专业的NGS售前技术支持处理您的询价;

订购其他NGS引物,直接登录引物合成网购系统,自助进行常规DNA合成的定制;

或在下方“资源>文档下载”区下载《引物合成订购表》,发送邮件至synth@sangon.com,由订单中心技术人员处理您的询价;

资源

文档下载
引物合成订购表 靶向捕获Panel订购表
引物定制合成手册 工业产品手册

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联系方式

NGS售前技术支持
电话:02137772413
引物合成订单中心(上海总部合成部)
电话:021-57072173/57072172/57072171
全国各引物合成网点联系方式请点击这里查询